Основные направления работы отдела:

· Реструктуризация, курируемых отделом, федеральных государственных унитарных предприятий в форме преобразований ФГУП в ФГБНУ с дальнейшим присоединением к научным центрам;

· Приведение регионального законодательства в соответствие с федеральным в части оказания поддержки сельскохозяйственным товаропроизводителям;

· Подготовка проектов уставов, а также изменений в уставы курируемых Департаментом организаций;

· Участие в подготовке предложений по созданию, ликвидации и реорганизации курируемых учреждений и предприятий и проектов соответствующих решений;

· Подготовка предложений по утверждению программ деятельности курируемых Отделом предприятий, стратегий их развития, бухгалтерской отчетности и отчетов руководителей, докладов о финансово-хозяйственной деятельности;

· Подготовка предложений по вынесению вопросов о выделении курируемым Отделом учреждениям целевых субсидий из федерального бюджета.